Κεντρικός άξονας των προτεραιοτήτων της ΕΔΕΥΑ είναι η επίλυση των άμεσων οικονομικών προβλημάτων των ΔΕΥΑ και η ικανοποίηση των θεσμικών αιτημάτων τους.

Το Ταμείο Συνοχής, το Δ' Κ.Π.Σ. και τα έργα των ΔΕΥΑ γενικότερα είναι στην κορυφή των προτεραιοτήτων και της δράσης της ΕΔΕΥΑ, ενώ τόσο η Οδηγία 2000/60 για μία κοινή πολιτική υδάτων όσο και ο νέος ν. 3199/2003 για τη διαχείριση των υδατικών πόρων αποτελούν αντικείμενα με ξεχωριστό ενδιαφέρον για την ΕΔΕΥΑ.

Η ΕΔΕΥΑ στοχεύει στο να βελτιώσει την εσωτερική της οργάνωση προς όφελος των ΔΕΥΑ, να πυκνώσει, να συστηματοποιήσει και να οργανώσει καλύτερα την ροή των πληροφοριών προς τις ΔΕΥΑ και να αναβαθμίσει την παρουσία της στην EUREAU και στον ευρωπαϊκό χώρο γενικότερα, αφού οι εξελίξεις τόσο σε πανευρωπαϊκό επίπεδο όσο και παγκόσμια επηρεάζουν άμεσα ή έμμεσα τον τομέα ύδρευσης - αποχέτευσης της χώρας μας.

Για την επίτευξη όλων των παραπάνω στόχων θα επιδιώξει την συνεργασία τόσο με τα συναρμόδια για τα αντικείμενα των ΔΕΥΑ Υπουργεία όσο και με τους υπόλοιπους φορείς και όργανα της Αυτοδιοίκησης, αλλά και με επιστημονικούς φορείς που ασχολούνται με θέματα του τομέα ύδρευσης - αποχέτευσης.

Η συνεργασία της ΕΔΕΥΑ με την ΕΥΔΑΠ και την ΕΥΑΘ θα γίνει στενότερη, ενώ κεντρικός στόχος της ΕΔΕΥΑ είναι η θεσμική αναγνώρισή της.